장기임대주택 보유 시 거주주택 비과세, 오히려 손해일 수 있는 상황

시작하며

장기임대주택은 세제 혜택이 많기로 유명하지만, 오히려 '거주주택 비과세' 측면에서는 조심해야 할 사항도 많다. 특히 세무서 등록, 의무 임대 기간, 임대료 증액 제한 등의 요건을 하나라도 놓치면 비과세 요건에서 제외되거나, 예상치 못한 양도소득세를 물게 되는 상황도 생긴다. 이번 글에서는 장기임대주택을 보유한 상태에서 거주주택을 매도할 경우 주의할 점과 실제 발생할 수 있는 불이익 사례를 정리해 보았다.

 

1. 장기임대주택과 거주주택 비과세 관계

1) 두 주택 이상 보유 시 주택 수 제외 여부

장기임대주택을 보유한 경우, 일정 요건을 충족하면 거주주택 매도 시 주택 수에서 제외되어 1세대 1주택 비과세 혜택을 받을 수 있다.

2) 요건 요약

• 임대 개시 시 기준시가가 수도권 6억원 이하, 지방 3억원 이하일 것
• 의무 임대 기간(5년, 8년, 10년 등) 충족할 것
• 임대료 증액 제한(연 5% 이하)을 준수할 것
• 임대 상태를 유지하고 있을 것(폐업·자가거주 금지)

이 요건 중 하나라도 위반되면 비과세 적용이 불가능해진다.

 

2. 입주권 전환 시 비과세 불인정 사례

① 주택 상태 유지 여부

재건축·재개발 등으로 인해 관리처분인가가 떨어진 이후 주택이 입주권으로 바뀌면, 주택으로 인정받지 못해 비과세 대상에서 제외된다.

② 타이밍의 중요성

주택 상태일 때 매도해야 비과세가 적용되며, 입주권 전환 후 매도하면 세금 부담이 커질 수 있다.

 

3. 임대주택 가액 요건 계산법

① 임대 개시일 기준

• 임대 개시일은 ‘구청 등록일’, ‘세무서 등록일’, ‘실제 임대 개시일’ 중 가장 늦은 날을 기준으로 본다.

② 기준시가 적용 방식

4월 30일 전후로 임대 개시 여부에 따라 전년도 기준시가 또는 당해년도 기준시가를 적용하게 된다.

③ 기준시가가 없는 경우

세무서장이 감정평가 등을 통해 산정한 금액을 기준으로 삼게 되며, 그 금액이 가액 요건을 초과하면 세제 혜택을 받을 수 없다.

 

4. 임대료 증액 제한 규정과 예외

① 2019년 2월 12일 이후 계약부터 적용

1년 이상 임대 계약 후, 5% 이내 증액만 가능하다.

② 자동·자진·직권 말소 시 주의

말소 이후에는 임대사업자 지위가 사라지기 때문에 증액 제한이 적용되지 않는다.

③ 재등록 시 기준 재설정

10년 재등록 이후 첫 계약 시점이 기준이 된다.

 

5. 의무 임대 기간과 법 개정 흐름

① 주요 변화 정리

기간	의무 임대 기간	비고
2020년 7월 10일 이전	5년	단기임대 허용
2020년 7월 11일 ~ 8월 17일	8년	단기임대 폐지
2020년 8월 18일 이후	10년	장기임대만 허용

② 단기임대 폐지

아파트 단기임대는 폐지되어 등록이 불가하며, 연립·다세대·도시형 주택만 등록 가능하다.

 

6. 임대주택과 거주주택 양도 순서에 따른 세금 차이

① 전체 양도차익이 아닌 '일부'만 비과세

거주주택을 먼저 매도하면 임대주택에서 그 이후 발생한 양도차익만 비과세가 적용된다.

② 거주주택에서 비과세를 안 받고 임대주택에서 받고 싶어도 선택 불가

세무 해석상 임의 선택이 불가능하다. 임대주택의 양도차익이 크더라도 거주주택에서 비과세를 먼저 적용받는 것이 원칙이다.

③ 세무 해석상 비합리적 구조

거주주택을 먼저 양도하고 비과세 혜택을 받으면, 이후 임대주택 양도 시 전체 양도차익이 아닌 일부만 비과세된다. 이로 인해 손해가 발생할 수 있다.

 

7. 비과세를 '받지 않기 위한' 방법들

• 거주요건 일부러 미충족: 2년 미만 거주 후 매도하거나 입주권 전환 후 매도
• 3주택자 만들기: 오피스텔 전세 낀 저가 주택 2채 매수
• 임대요건 위반: 5% 초과 임대료 인상 또는 의무 임대 기간 미충족
• 임대 등록 말소: 구청·세무서 등록 말소로 임대요건 탈락 유도
• 자동·자진 말소 후 5년 초과 매도: 비과세 요건을 의도적으로 피함

이러한 방식은 현실적으로 편법에 가까우며, 경우에 따라 과태료 또는 세무상 불이익이 따를 수 있다.

 

8. 임대주택 공동 소유 시 요건 충족 기준

공동 소유자일 경우, 주택 수 산정 시 지분율을 곱해 계산한다. 예를 들어 5채를 20% 지분으로 보유하면 1채로 인정된다. 하지만 단독 1채를 공동으로 50%씩 소유하면 0.5채로 계산되어 1호 요건을 충족하지 못한다. 이에 대해 심판원은 각 세대별로 각각 1채를 보유한 것으로 보아 요건을 충족한 것으로 해석하고 있다.

 

9. 비과세 적용 순서와 제한

과거에는 거주주택을 양도하고 비과세를 받으면, 이후 다른 주택도 계속해서 비과세를 받을 수 있었다. 하지만 현재는 1회만 허용되며, 이후 거주주택에 대한 비과세는 제한된다. 단, 2019년 2월 10일 이전 취득 주택은 예외로 횟수 제한이 없다.

 

10. 전체 양도차익 중 일부만 비과세되는 구조의 문제

거주주택을 먼저 비과세로 양도한 후, 임대주택을 양도하면 거주주택 양도일 이후 발생한 양도차익만 비과세된다. 따라서 임대주택에서 발생한 전체 양도차익 중 상당 부분이 과세대상이 될 수 있다.

 

마치며

장기임대주택 보유자는 다양한 세제 혜택을 받을 수 있지만, 거주주택 비과세와 관련해선 오히려 조심해야 할 부분이 많다. 특히 양도 순서, 임대 개시일, 기준시가 적용 등은 결과적으로 수천만원 이상 세금 차이를 만들 수 있기 때문에, 정확한 요건 검토와 전략적인 매도 시점 설정이 필수이다. 세제 혜택만 보고 등록해 두었던 임대주택이 의외로 비과세를 막는 장벽이 될 수 있다는 점을 꼭 유의해야 한다.